Für kommerzielle Linien hat der ZNAS keine Zuständigkeit und keine Verantwortung. Diese werden vom Linienbetreiber völlig eigenverantwortlich organisiert und betrieben. Die Entscheidungen, welche Orte wie oft mit welcher Qualität bedient werden, trifft allein der Linienbetreiber („privatisierter ÖPNV“). Der ZNAS hat hier keinerlei Einflussmöglichkeiten, da Vorgaben des Nahverkehrsplanes nach dem Willen des Bundesgesetzgebers für kommerzielle Linien nicht unmittelbar gelten. Die Zubestellung von einzelner Fahrten durch den ZNAS ist daher nicht möglich.

Für gemeinwirtschaftliche Linien ist der ZNAS der zuständige und verantwortliche Aufgabenträger. Er gibt das Fahrtangebot und die Qualitätskriterien in einem Ausschreibungswettbewerb (in der Regel europaweit) vor. Der wirtschaftlichste Bewerber wird mit der Durchführung des Betriebs beauftragt. Der Unternehmer behält die Einnahmen und erhält Ausgleichszahlungen für die nicht gedeckten Kosten. Die Einhaltung der Vertragskriterien ist auch vertraglich durch Vertragsstrafen abgesichert.